بر اساس وصیت آن حضرت فرزندان ارجمندش به پا خاستند تا شبانه آن نازنین بدن را غسل دهند و کفن کنند و به خاک سپارند.هنگامی که لباس او را درآوردند، در سراپای پیکر پاکش اثر زخم‏های بی‏شماری دیده می‏شد که در میدان‏های گوناگون جهاد بر آن حضرت وارد آمده و پس از بهبود اثر آنها مانده بود .امام حسن پیکر پاک پدر را می‏شست و امام حسین آب می‏ریخت و آن نازنین بدن به گونه‏ای شگفت آور به خودی خود می‏گردید و نیاز به گردانیدن دیگری نداشت! چرا که فرشتگان آن را می‏گردانیدند و بوی خوش آن پیکر پاک از عطر مشک و عنبر نیز دل انگیزتر بود.

پس از پایان یافتن مراسم غسل، امام مجتبی خواهرش زینب را صدا زد و از او خواست تا باقی مانده حنوط پیامبر را بیاورد. هنگامی که آن را آورد و گشود بوی دل انگیز آن، همه شهر را پر کرد. پس از برنامه حنوط، آن نازنین بدن را با پنج قطعه کفن پوشاندند و بر تابوت قرار دادند و پسران ارجمندش حسن و حسین عقب تابوت را گرفتند، که به ناگاه دیدند، همان‏گونه که خود فرموده بود، جلو تابوت به وسیله کسانی که دیده نمی‏شدند، بلند شد و حرکت کرد و از کنار هیچ درختی نگذشتند جز این که دیدند در برابر آن تابوت و آن پیکر پاک به نشان گرامیداشت سر تعظیم فرود می‏آورد!
شهر یکپارچه در ماتم فرورفته بود و از آن میان بانوان هاشمی که در جریان کار بودند، در حالی که بر سر و سینه می‏زدند و شیون می‏کردند به دنبال تابوت حرکت کردند؛ اما حضرت مجتبی از آنان خواست تا آهسته و بی‏صدا به خانه‏های خویش بازگردند، چرا که برنامه این بود که آن نازنین بدن شبانه به خاک سپرده شود و برای مدتی آرامگاه آن حضرت نیز ناشناخته بماند.
با دستور امام حسن، جز فرزندان امیرمؤمنان و شماری از یاران خاص آن حضرت، همه برگشتند و آن تابوت بر دوش جبرئیل و میکائیل و حسن و حسین از کوفه دور شد و به سوی نجف رهسپار گردید.
در نقطه‏ای از آن سرزمین، جلو تابوت به زمین آمد و فرزندان آن حضرت نیز عقب آن را بر زمین نهادند و امام حسن همان‏گونه که پدر سفارش فرموده بود بر آن پیکر پاک نماز خواند .
پس از نماز، تابوت را کنار زدند و با جابه‏جا کردن خاک، آرامگاهی ساخته و پرداخته یافتند که سنگ نوشته‏ای نشان می‏داد که آن قبر را حضرت نوح برای بنده برگزیده و شایسته کردار خدا، علی (ع) آماده ساخته است.
هنگامی که بر آن شدند تا آن پیکر مقدس را به درون قبر برند، ندای نداگری را از آسمان شنیدند که می‏گفت:
«انزلوه الی التربة الطاهرة، فقد اشتاق الحبیب الی الحبیب»
آن نازنین بدن را به سوی این تربت پاک فرود آورید که دوست در شور و شوق دوست است!
و بدین سان آن پیکر پاک، پیش از سپیده دم به خاک سپرده شد و همان گونه که خود وصیت فرموده بود قبر منورش را نهان ساختند تا از کینه کور گماشتگان تعصب و خرافه و دشمنی ددمنشانه خوارج و دیگر تبهکاران در امان بماند.
در این مورد آورده‏اند که «حجاج» در زمان سلطه شرربارش بر عراق، هزاران قبر را در اندیشه یافتن پیکر پاک امیرمؤمنان شکافت، اما آن را نیافت و آن آرامگاه، تا روزگار هارون جز بر فرزندان او و برخی از دوستداران ویژه‏اش ناشناخته بود.